Varios de los soldados que tomaron parte en la invasión de 1847-’48 conservaron impresiones tan agradables de la península que después regresaron para establecerse como granjeros, mineros y comerciantes. Había, además, una convicción profunda que Baja California tenía que pertenecerle a los Estados Unidos y en esto, como siempre, la especulación estaba impaciente para compartir con el premio. Sobre los grupos buscando obtener subvenciones de tierra, el gobierno impusó una condición para la fundación de colonias, dandose cuenta quel desarrollo de los recursos naturales del país dependía principalmente en la inmigración extranjera. Por otra parte, los habitantes no aceptaban de buena gana a los extranjeros, y tampoco las autoridades, las cuáles tenían sospechas celosas de que los Estados Unidos tenía planes para la adquisición del territorio.

En 1855 los dominicanos abandonaron las misiones seculares. En 1862 comenzó la guerra de la intervención francesa, y, mientras había un poco de inquietud local, la leganía de Baja California una vez más protegió al país de las devastaciones acostumbradas de tiempos de guerra.

Con la entrada de las tropas del continente, se aseguró la paz, se restablecieron las industrias, floreció la agricultura, se abrieron las minas, buques de vapor fueron persuados a llegar mensualmente en La Paz y en San Jose del Cabo y tuvieron dos años muy prósperos. El invierno de 1863-’64 trajo una sequía severa causando la gran destrucción de las cosechas y del ganado. Al mismo tiempo, la industria minera también disminuyó, debido al rasgo habitual, la carencia de la capital para el esfuerzo sostenido, la mayor parte de los mineros que se habían precipitado a los campos que han sido actuados por la intención de especulación, en vez de desarrollar sus reclamaciones.

Desde 1863 un grupo de buques de vapor han navegado mensualmente entre San Francisco y los Puertos Pacíficos Mexicanos hasta San Blás, tocando en La Paz y en San Jose del Cabo, de esa manera trayendo a Baja California en comunicación con el mundo exterior.

En 1864 una subvención importante fue hecha para la Colonización y Compañía Minera de Baja California, la concesión que incluye el terreno inmenso encontrado entre 24° 20′ y 31°, casí 47,000 millas cuadradas. Las condiciones consistían en que un cuarto del terreno debería ser reservado para los méxicanos; que por lo menos 200 familias tendrían que ser presentadas dentro de cinco años, y que 100,000 dólares tendrían que ser pagados al gobierno Jaurista por el terreno que iba ser ocupado. Parecía difícil cumplir con el contrato desde California, y en 1866 fue transferido a los capitalistas del este. Sus expertos reportaron desfavorablemente sobre la tierra y el agua, pero los accionistas, asegurando una extensión de tiempo, empezaron a recuperar su inversión. Se mandó un grupo avanzado para limpiar la tierra, para construir carreteras y pozos de agua, y bajo el contrato, se mandaron 300 personas desde Nueva York para establecer una colonia y para juntar al parásito orchilla. Los pozos artesianos demostraron ser un fracaso; había insuficiente comida, había agua mala y muy poco refugio; el calor era tórrido, y el ambiente parecía un desierto y era muy severo. Todos estos elementos de la miseria aterrorizaron los corazones de los colonizadores de la Bahía Magdalena, y muchos de ellos abandonaron los campos y se fueron a California, mientras otros lucharon para cruzar el país hasta llegar a La Paz. El gobierno anuló la subvención, y los funcionarios celosos de La Paz hicieron un pendiente demasiado precipitado sobre el agente de la compañía, desposeyendolo a él y al resto de los colonizadores. La compañía decepcionada estaba lista para meter en este pretexto una reclamación de 10,000,000 dólares contra México, cuyo gobierno comprometido concedió el privilegio de juntar orchilla gratis por seis años.