El primer sacerdote jesuita que pisó la tierra de Baja California fue el Padre Roque de Vega, capellán a Francisco de Ortega, sobre la tercera digna inspección. Ortega, en este viaje del 14 o 15 de enero de 1636, ancló su nave con una carga de setenta toneladas en la bahía llamada La Playa Honda, once millas al sur de La Paz. Una tormenta terrible que duró once días, arruinó el barco y lo condujo a tierra, mientras los hombres a bordo se escaparon a la tierra sobre fragmentos de la nave. También se derivaron – milagrosamente, pensaron los abandonados, náufragados exploradores – bastantes naves del servicio de la iglesia para permitir que Padre Vega pueda decir la misa con regulidad. Estos eran los primeros ministerios cristianos en las Californias. Los exploradores construyeron un barco de los fragmentos de la ruina y el padre los seguía adonde el grupo fuera, bautizando a varias indígenas a punto de morir en La Paz. El segundo sacerdote jesuita en California era el Padre Jacinto Cortez, quién en 1642 acompañó a Luis Cestin de Callas al país por el cual su orden fue destinado para hacer tanto en el futuro.
Desde la epoca de Cortez hasta la de Otondo, de 1535 a 1683, los muchos esfuerzos para ocupar la península occidental habían sido tan caros y muy infructuosos , que el gobierno había determinado no eqipar más tales expediciones. Aún era lo más deseable, debido a la posición importante geográfica del territorio, que debería estar bajo el dominio español. Por lo tanto, contando con la firmeza del espíritu misionero, el consejo se reunió para considerar esta pregunta, ofreciendole a la Compañía de Jesús una subvención de 40,000 dólares por año como un incentivo para emprender la misión de California. La orden rehusó la oferta con motivo de la desgana de participar en las preocupaciones temporales implicadas en la empresa.
El padre Eusebio Kino (también escrito Kuhn), uno de los sacerdotes que habían acompañado a Otondo en la expedición que colonizó La Paz en 1683, había jurado su vida al trabajo de enviar misioneros a las Californias. Obteniendo su transferencia a las misiones de Sonora, se encontró allí al Visitador, al fiel Padre Juan Maria Salvatierra, quién se hizo un gran entusiasta como Kino, y a partir de entonces estos dos trabajaron incesantemante en nombre de California. En 1697 ellos se juntaron con el Padre Juan Ugarte del Colegio Jesuita en México, un hombre de poderes fuertes, naturales y circunstanciales, quién pronto desarrolló tanto celo como sus coadjutores. Después de un período largo de esfuerzos aparentemente desesperados, la causa comenzó a tomar vuelo. Las contribuciones del dinero en los límites de 2,000 a 20,000 dólares comenzaron a llegar de sindicatos de la iglesia y de individuos, así comenzando el famoso “Fondo Piadoso de las Californias”. Se produjo presión para anular la cedula real prohibiendo expediciones a California, y el 5 de febrero de 1697, la licencia viceregia fue dada. Esta licencia autorizó a Salvatierra y a Kino a emprender la conversión de los californianos, a alistar y pagarle a los soldados para la empresa, a designar o quitar a funcionarios, en resumen, les dió la autoridad para derigir y disponer completamente en la materia, con dos condiciones: que todo debería ser hecho a su propio gasto, y que la posesión de los países que fueran conquistados debería ser tomada en el nombre del Rey de España.
Debe ser admitido por un lector imparcial, sin considerar la raza o el prejuicio religioso, que estos padres jesuitas fueron obligados por motivos puros, con la gran generosidad y un sólo objetivo en emprender esta tarea. Ellos fueron a su propio riesgo y a su propio costo. Las experiencias de los movedores anteriores hacia la misma dirección habían declarado que el país no era atractivo, y que era verdaderamente asqueroso, sin elementos de riqueza; y que su conquista era peligrosa y dudosa del logro. Se debe recordar que durante su control, los misioneros severamente prohibieron la fomentación de los recursos de las pesquerías de perla, por cuyo potencia rica ellos podrían haber mitigado la aspereza de su conflicto, mientras la oposición que ellos ofrecieron para el trabajo de las camas de perla dió el aumento de muchos de los obstáculos más serios que ellos encontraron. Esto ha sido la manera por la cual muchos escritores han difamado los motivos de estos hombres fieles, y eso es obviamente una injusticia.
Después de muchos preliminares aburridos y muchas tardanzas molestas, Salvatierra desembarcó en la península el 16 de octubre de 1697, con una escolta extrañamente variada de seis soldados compuesta de un español, un portugués, un criollo méxicano, un maltés, un siciliano y un mulato peruano.
El 25 de octubre, en una tienda de campaña que había sido preparada como una iglesia, con una cruz establecida y la imagen venerada de Nuestra Señora de Loreto, la misa fue dicha, y posesión formal fue tomada del país en nombre del Rey de España. Esta, la primer misión fundada en California, fue llamada Loreto Concho, por la patrocinadora cuya imágen ellos honraron sobre su altar y por el nombre natal del sitio.