La historia de las misiones, de este momento en adelante, se lee como un romance.  Al principio los indígenas eran amistosos con los extranjeros y les daban servicios complacientes a cambio de raciones leves de grano y avena.  Después se hicieron refractorios, comenzaron a robarle a los extranjeros y luego continuaron con ataques personales con el intento de matar, los cuales a veces repetían.  Lluvias inesperadas, en el país que ellos supuestamente creían ser seco, dañaron las tiendas.  Sus propias armas de defensa rebotaban sobre ellos; cuando disparaban su pedrero para repelar un ataque feroz de indios, este se estalló e hirió a varios de la guarnación.  Un gran obstáculo era la ignorancia de los misioneros del lenguage de los indígenas y también las enseñanzas engañosas de los californianos a los misioneros de ese lenguage, los cuales se daban un placer dañoso por las equivocaciones de los extranjeros.  A las tripulaciones de los barcos de suministro les dió la fiebre de pescar perlas, por la cual su busqueda los padres consideraban la más peligrosa de todos los males que amenazaban su trabajo.  De todos modos, ellos persistieron, combatiendo cada obstaculo con valentía, y, siendo fuertes en su fe, fueron estimulados por varias coincidencias notables que ellos consideraron como la intervención milagrosa en respuesta a sus rezos.

En marzo de 1699, animados por condiciones más favorables, ellos empezaron a ampliar su empresa, y el 1 de noviembre de ese año, fundaron San Xavier, la segunda de las misiones de California.

El último año del ciglo, el tercero de este trabajo, estuvo lleno de problemas para los padres jesuitas.  La pérdida de un barco, las muertes de amigos y partidarios, laicos y sacerdotes, la falta de recursos, indeferencia en México y España a las necesidades de la colonia, y la oposición del poder local militar, todo esto produjo una gran angustia, material y espiritual, por los cuales unos eran mitigados por la llegada del Padre Ugarte en el principio del año 1771, quién era un hombre de poder en todo sentido.  Fuerte, intelectual, magnético, práctico, un militante de clérigo, su presencia inspiraba al pequeño grupo fiel con una valentía fresca en períodos de depresión, aun cuando, en más de una ocasión , los sacerdotes y sus compañeros fueron redujidos a subsistir, como los salvajes, comiendo bayas salvajes, raíces y pitahayas – la fruta de una especie de nopal – y cuando los ataques de los indígenas y la insubornación entre el ejército era probable de volverlos desesperados.

De 1705-’06 las misiones San Juan Bautista y Santa Rosalia fueron fundadas, y en 1708 se fundó la misión de San José.  El año 1709  estuvo lleno de desastre, con la pérdida de otro barco y los estragos de viruela y otras enfermedades.  Durante todo este tiempo el Padre Salvatierra, en sus varias oficinas, nunca dejó de trabajar valientemente por estas misiones; pero el 17 de julio de 1717, el buen, leal, imparcial sacerdote se murió en Guadalajara.

En 1718 se estableció la misión de la Purisima Concepción, que después se convertió en una de las mejores en la península.  En 1719 se lanzó el primer barco construido en las orillas de California.  El Triunfo de la Cruz fue construido por la determinación del Padre Ugarte, determinado en ejecutar el ferviente plan de Salvatierra de explorar el golfo.  Navegando en este barco, en noviembre de 1720, Ugarte y Bravo, unidos con un grupo de soldados de tierra, fundieron la misión de Nuestra Señora del Pilar de la Paz sobre el terreno todavía conocido como La Paz.  En 1721 el Padre Helen fundó la misión de Nuestra Señora de Guadalupe.

En mayo de 1721, Ugarte navegó en el Triunfo en una excursión de exploración de cuatro meses sobre el golfo; el viaje era difícil y peligroso, pero esto suministró muchos datos geográficos, y demostró concluyentemente que California no era una isla, pero una península.  De este viaje en adelante las exploraciones fueron hechas lo más seguido posible.

En 1721 se estableció la misión de Nuestra Señora de los Dolores, y en 1723 se estableció la de Santiago.  En 1730 se estableció cerca de Cabo San Lucas la misión de San José del Cabo, y ese mismo año fue testigo de la muerte del Padre Ugarte, después de treinta años de trabajo en California.  En 1733 se estableció la misión de Santa Rosa.  En ese año, y otra vez en 1734, hubo una ola de violencia de los indios, que asesinaron a varios de los frailes.  Las tropas fueron traídas del continente para reducir a los rebeldes de esta provincia, la cual se había hecho una posesión valiosa, y por eso la rebelión resultó en el aumento de la fuerza presidial local.

Los problemas intermitentes con los indígenas, y las promesas del apoyo del gobierno a las misiones, las cuales se hicieron solamente para ser quebradas, , ocupan el registro hasta el año 1746, el cual después se encuentra en blanco por los siguientes veinte años.

Hacia el año 1750 las misiones de Baja California estaban produciendo grano, fruta, ganado, y otros productos casi suficientes para su propio consumo, y ya no estaban en aprietas de necesidad.  La política que siguió fue también modificada.  Animaron mensurablemente al comercio, y la pesca de perla no fue ignorada.  Sin embargo, no todo fue fácil para los sacerdotes.  Se espresó mucho descontento contra ellos.  Fueron acusados de esconder, por el interés propio, los recursos de la gran riqueza alegada que se encontraba en el país, y que ellos participaban en el contrabando fue más que insinuado.  A partir de 1751 hasta 1766, el Padre Consag y el Padre Link hicieron unas exploraciones de poca importancia.  Sin embargo, parecía que era la que sus sucesores querían en el espiritu de empresa y desinterés que habían marcado los fundadores originales de las misiones.

La situación se hizo más desagradable; era, sin duda, la fuerza de la oposición a ellos que resultó en que los Provinciales de los jesuitas ofrecieran formalmente dejar todas las misiones de la sociedad, incluso las de California.  También hay un poco de duda que las condiciones en la península tenían alguna influencia en la expulsión, en 1767, de los jesuitas de todas las posesiones españolas.

En noviembre de ese año, Don Gaspar de Portola desembarcó cerca de San José, encargado con el cargo de gobernador  de California y la expulsión de los misioneros.  Los padres parecen haberse aguantado por estas circunstancias tentativas con calma y dignidad; y la escena de su salida fue más conmovida.  Sus discípulos, desagradecidos y salvajes como se habían mostrado en el pasado, estaban arrepentidos y llenos de pena en esta coyuntura; y ellos siguieron a sus pastores hasta el último momento, con lamentaciones amargas.  Se dice que hasta el gobernador derramó lágrimas cuando partían los exilios y comenzaban en su via dolorosa.