Después de la ruina del sistema federal en México, la península fue otra vez colocada en el mismo departamento que Alta California, y sus habitantes fueron invitados a apoyar la causa americana en la guerra entre los Estados Unidos y México, con el entendimiento de que el antiguo país guardaría la posesión de esta provincia y protegería a sus ciudadanos. Pero no fue hasta después de completar la conquista de la división norteña que aparecieron los buques de guerra americanos en aquellas aguas con la intención de ampliar el dominio americano allí. Esto pasó durante el otoño de 1846. Los Bajenos hicieron un esfuerzo para defenderse, pero varios puertos se rindieron. Después de la submisión de La Paz, el 13 de abril de 1817, el país parecía bastante pacífico y los americanos sólo dejaron a una pequeña fuerza encargada. Para remediar este descuido, las autoridades en Alta California enviaron a dos compañías de los voluntarios de Nueva York bajo el Coronel Burton, quienes encontraron abierto, y declararon resistencia en San Antonio, Muleje, Loreto, y otras partes. Rebeliones en San José y en Todos Santos, y el tono general de desafección, resultó en el fortalecimiento y el poner a La Paz bajo ley marcial. El 16 de noviembre de 1847, una fuerza de 600 o 700 californianos, bajo el Capitán Manuel Pineda, atacó este puerto, el cual ellos podrían haber capturado si hubieran ejercido la táctica correcta militar. Una lucha amarga fue emprendida entre las dos fuerzas hasta el 28 de noviembre, y luego, después de unos días de inactividad, Pineda retrocedió hacia San José, donde una pequeña separación de americanos estaban sitiados por una fuerza inmensamente superior de californianos. Este sitio fue levantado, después de un sufrimiento considerable, por la llegada y el avance determinado para el rescate del Cyane bajo Dupont. Los voluntarios continuaron a ocupar la península hasta que fue restaurado a México por el tratado de Guadalupe Hidalgo, el 2 de febrero de 1848. En aquel tiempo, los méxicanos parecían más indiferentes que ahora sobre la posesión de la península hasta que fue inconsecuentemente regresado por los Estados Unidos, en violación de todas las promesas hechas a sus ciudadanos.
