Después de 1767, el virrey español le dió la administración del gobierno de Baja California al comandante de las tropas de presidio, el cuál adquirió el título de gobernador. La capital estaba en Loreto, la cuál comúnmente era llamada el Presidio de Las Californias.
En junio de 1767, cuando los jesuitas fueron expulsados de México, las responsabilidades de las misiones de California fueron ofrecidas al Colegio Franciscano de San Fernando en la capital de México; y cuando el ofrecimiento fue aceptado, siete frailes del establecimiento siguieron adelante hacia la península, donde se encontraron con cinco frailes de las misiones de la Sierra Gorda. El progreso de estos fue retrasado, primeramente por mares contrarios, y después por ordenes opuestas. Por fin llegaron a Loreto el 1° de abril, y después de haber recibido sus instrucciones -las cuáles no eran un poco decepcionantes, pues ellos fueron confiados con sólo intereses espirituales, y sin ningunos poderes temporales- al día 8 ellos se separaron para distribuirse entre sus misiones respectivas. Esta pérdida de poder tanto debilitó las influencias y las habilidades de los sacerdotes, quel sistema de las misiones podría haber quedado extinta. Don José de Galvez, sobre su ronda como visitador, llegó autorizado con poderes discrecionales en situaciones seculares y eclesiásticos. Al ver los daños de las condiciones predominantes, pidió la rendición de cuentas de los funcionarios seculares, les restableció mucho poder a los sacerdotes, reformó las defectuosas divisiónes del terreno de las misiones, organizó las regulaciones para la colonización, y estableció movimientos progresivos en minería, asuntos agrícolas y judiciales. Aquí estaba un hombre lleno de proyectos filántropos generosos para el bienestar de los pobladores, y aún era fiel y cuidadoso de los intereses de su soberano. También estaba entusiasmado por la extensión norteña del dominio español. Él organizó cuatro expediciones, dos por tierra y dos por mar, para llevar a cabo exploraciones en esa dirección. Estas expediciones comenzarón durante la primavera de 1769, y hablaremos más sobre ellas después. El padre Junipero Serra fue con esta expedición mientras el padre Francisco Palou tomaba su lugar como presidente en la península. Galvez presentó varias reformas en California y proyectó varias más, incluso el restablecer de la población y la prosperidad de Loreto, el entrenamiento de los jóvenes del país en la agricultura y la industria, y muchas otras caracteristícas admirables. Dejando instrucciones a estos efectos, Galvez navegó hacia el continente. Mayo 1769 probablemente marcó la primera visita de una comisión científica a California: un grupo francés y español, bajo la dirección del Sr. M. Chappe d’Auteroche, llegó a San José del Cabo para observar el tránsito de Venus. Apenas habían completado sus observaciones cuando fueron atacados por una fiebre maligna, por la cuál varios miembros murieron, incluso el dirigente. Esta pestilencia fue lograda por tres otros, los cuáles causaron gran estragos en todas las misiones y gravemente desmoralizarón a la gente.
Por varios años la península fue la escena de una constante competencia entre los frailes y los gobernantes seculares. Matías de Armona, quien apenas tenía cinco meses en oficina, parece haber estado al favor de los sacerdotes y también parece haber valorado la confianza de ellos. Pero los administradores de los otros, Felipe Barri en particular, parecían haber sido una cadena perpetua de pequeñas intrigas, invasiones, envidias, y abusos fatigantes de la oficina. Estas condiciones resultaron en una petición de los Franciscanos en la cuál sus responsabilidades sobre las misiones pudieran ser transferidas a otra orden. Por muchos años hubo mucho debate sobre la pregunta acerca del ceder de una parte de las misiones a los dominicanos, los cuáles, desde 1768, estubieron intentando extender su campo hasta California. Antes que Galvez saliera a sus expediciones a San Diego y a Monterrey, el padre dominicano Juan Iriarte había solicitado una licencia para establecer misiones entre las latitudes de 25° y de 28° en la costa occidental, pero su solicitud no fue permitida. Persistiendo, al segundo año Iriarte intentó obtener control de los distritos norteños de la península, y también unos al norte de Sonora. Así fue preparado el terreno para la cesión de una parte de las misiones, y en una conferencia entre el guardián Franciscano, Rafael Verger, y el general-vicario dominicano, Iriarte, se solucionó que los dominicanos se quedarían con toda la península y sus misiones viejas hasta un lugar al sur de San Diego, con el derecho de extender su campo hacia el este y noreste, más allá de la cabeza del golfo; mientras los Franciscanos se quedarían con las misiones al norte de San Diego y tendrían el territorio ilimitado para la extensión de su establecimiento hacia el norte y noroeste.
Los Franciscanos recibieron con placer la noticia de esta decisión en agosto 1772; varios de ellos partieron ese mismo año hacia el norte. El resto de ellos no se escaparon tan fácilmente de la persecución de Barri el agresivo. En un tiempo desagradable llegó la respuesta de las cartas de Palon en las cuáles se quejaba con el virrey; y la justificación parcial del sacerdote poderosamente enfureció al gobernador, el cuál agitó el coraje entre los indios hacia los Franciscanos, acusando a los sacerdotes de haberle robado a las misiones, un cargo favorablementa refutado por las cuidadosas cuentas tomadas por las cuáles los sacerdotes insistieron. Aún así, ellos fueron retrasados por la misma política de la acusación, y por las ordenes contra la extracción de ciertas propiedades, los adornos de la iglesia, etc., por las cuáles ellos habían obtenido la autorización para llevar a las misiones del norte, y aunque el poder viceregio fue invocado y su intervención asegurada, no fue hasta casí el final de 1775 que los últimos de los Franciscanos fueron permitidos salir de la Velicata de San Fernando y los dominicanos se quedaron con la posesión completa de la península.
Mientras tanto, las constantes quejas contra Barri habían tomado efecto y en 1774 Barri fue sustituido por Felipe de Neve. Los términos del decreto insinuaban la gran desaprobación del transcurso de Barri. Se hicieron ciertas provisiones para prevenir más conflicto entre los eclesiásticos y el militar, las obligaciones de las respectivas agencias siendo claramente aclaradas para que no haiga abuso entre las dos.
La fortaleza en Loreto fue permitida tener treinta y siete soldados al costo de $12,450 por año. Muy pronto Neve se dió cuenta que esta fuerza era insuficiente. También expresó insatisfacción con las condiciones de los ingresos y con la administración de los frailes. En corto, él favoraba la secularización. En 1775 este gobernador fue ordenado a que transladara su residencia a Monterrey, la cuál después se volvió en la capital de las dos Californias.
De primero los dominicanos estaban celosos y después se volvieron desánimados e indiferentes debido al carácter refractorio de las indigenas y por los obstáculos que resistían al ambiente. No solamente eran pocas las visitas de las naves de provisiones saliendo de los puertos de México pero también era prohibido que los habitantes mitigaran sus inquietudes con tener intercambios con las naves extranjeras. Estos barcos extranjeros pronto se recurrierón a la cacería independiente de la nutria marinera en las aguas de Baja California. De esta medida resultó un comercio de cantrabando considerable con los habitantes, el cuál resultó ser un buen beneficio para ellos.
El año 1804 fue testigo del decretar que separaba la Baja California de la Alta California. Poco después la negligencia de la península quedó más marcada. Durante los largos conflictos para la independencia de México, desde 1810 hasta 1820, lo aislado que en algunos sentidos abrumaba pesadamente sobre la península sirvió como protección contra los horrores de la guerra a pesar de que barcos hostiles hicieron por lo menos una incursión, capturando la mision de San José del Cabo. Se esperaban cosas grandiosas de las medidas progresivas tempranas tomadas por Echeandia, quien fue nombrado para comandar el control civil y militar de las dos Californias bajo el gobierno méxicano, el cuál su administración entró en el poder en 1821, sus comisarios llegando a Baja California el siguiente año. Estas expectaciones resultaron ser engañosas.